Considerato uno dei maggiori scenografi del periodo romantico per le soluzioni tecniche adottate e le tematiche scelte quali le rovine, le grotte e gli spazi solitari, i luoghi drammatici, misteriosi ed evocativi. Il lavoro svolto per La Fenice di Venezia, tra il 1845 e il 1858, è segnato dall’incontro con Giuseppe Verdi, per il quale realizza le scenografie di una numerosa serie di opere liriche. Il connubio fra i due artisti si rivela estremamente proficuo per la consonanza di intenti e sensazioni. Lo spirito esuberante e drammatico dello scenografo è la chiave di lettura più vicina alla personalità verdiana, insieme alla ricerca di un linguaggio sonoro in grado di fondere musica e scena: "... un preludio che dipinge coi suoni il nascere dell’aurora, il mite e digradato rosseggiare di esse sulle acque e sulle povere isolette della primitiva Venezia...", è il commento di un cronista contemporaneo a proposito della rappresentazione di "Attila" del 1845. Oltre ad essere considerato il punto massimo della scuola veneziana di scenografia, Giuseppe Bertoja ha definito molti prototipi per le messinscene verdiane successive. Le opere di Verdi scenografate da Giuseppe Bertoja sono:

• "Giovanna d’Arco", libretto di Temistocle Solera, 1845-46"Attila", libretto di Temistocle Solera, 1845-46"Macbeth", libretto di Francesco Maria Piave e Andrea Maffei, 1847-48"Luisa Miller", libretto di Salvatore Cammarano, 1850-51"Il Rigoletto", libretto di Francesco Maria Piave, 1850-51"Ernani", libretto di Francesco Maria Piave, 1852-53"La Traviata", libretto di Francesco Maria Piave, 1852-53

  "Il Trovatore", libretto di Salvatore Cammarano, 1853-54

• "Simon Boccanegra", libretto di Francesco Maria Piave, 1856-57, l’ultima opera scritta da Verdi per il Teatro La Fenice.