Figlio di Stefano il Vecchio, di buona cultura e probabilmente di formazione giuridica, ebbe incarichi nella curia papale e a Roma, divenendo cardinale per opera di Giovanni XXII nel 1327, dignità grazie alla quale accumulò un notevolissimo numero di benefici ecclesiastici. L'attività politica romana lo vide opporsi tenacemente a Cola di Rienzo, motivo questo di sicuro dissidio con il Petrarca. Il poeta era entrato al suo servizio come cappellano privato in virtù della presentazione del fratello del Colonna Giacomo, e a lui si unì anche Ludovico di Beringen, "Socrate". «Propriamente parlando, il Petrarca soggiornò nella domus del Colonna soltanto fino al 1337, perché dopo la nascita del figlio Giovanni il poeta si ritirò a Valchiusa». Nel 1347, in novembre, Petrarca lasciava Avignone per recarsi in Italia su incarico del papa, e così finiva il servizio presso Giovanni, che dunque durò complessivamente diciassette anni. Nell'egloga Divortium (Bucolicum carmen, VIII) è messo in scena, sotto il velame allegorico, l'amaro colloquio tra il poeta e il protettore, stigmatizzato per l'avidità di ricchezza e di potere; nell'epistola autobiografica Posteritati, invece, la descrizione ha toni molto più affettuosi. In realtà, la relazione del poeta con il suo protettore «toccò punte di indubbia intimità: il Colonna non esitava a consultarlo anche per questioni di famiglia [...] Dalle lettere del poeta emerge, per quanto riguarda il Colonna, il ritratto di un personaggio culturalmente aperto alle novità, un osservatore attento della natura e delle cose che lo circondano, un temperamento dolce ma autoritario [...] Il ritratto appare piuttosto sfocato se messo a confronto con quello che il Petrarca ci ha lasciato del fratello Giacomo, l'unico Colonna che il poeta avesse veramente amato [...] Per il poeta Giacomo fu l'amico, Giovanni il patrono» (Paravicini Bagliani 1982). Morì nel 1348 ad Avignone, vittima della grande peste.