Gianni e Alberto si incontrano in una stazione, parlano di un bambino, del figlio di Gianni, che lui, però;, non ha mai visto. Paolo è disabile dalla nascita, nato da un parto difficile durante il quale la madre è morta. Sono passati quindici anni da allora e Gianni ora viene coinvolto in un viaggio per Berlino verso un ospedale dove curano quelli come Paolo. Il viaggio è l'occasione per iniziare ad amare il figlio ma anche per iniziare con lui a soffrire della sua disabilità.
Liberamente ispirato al libro "Nati due volte" di Giuseppe Pontiggia (a cui la pellicola è dedicata), storia che lo scrittore ha tratto dalla sua esperienza di padre di un ragazzo disabile, il film di Gianni Amelio è il doloroso racconto della fatica di vivere. Girato quasi seguendo i dettami del dogma di Von Trier, in luoghi reali con una fotografia volutamente sporca, "Le chiavi di casa" si snoda lungo un percorso emotivo e inconscio che Amelio costruisce per sottrazione. Scarno e ridotto ai minimi termini, nei gesti, nelle parole, nella recitazione degli ottimi Kim Rossi Stuart e Charlotte Rampling, il film sembra adeguarsi ai movimenti faticosi di Andrea Rossi, diciassettenne disabile. E' per questo che lo stesso Amelio considera il suo giovane attore coautore del film. Ogni ripresa è stata girata una trentina di volte e Andrea è stato guidato attraverso un microfono inserito in un orecchio. Il film è nato così con una sorta di spontaneità forzata, la stessa che a volte lo rende ostico e troppo ermetico, la stessa visibile nei movimenti faticosi ed eroici di Andrea. E' lui la grande forza del film, cui fanno da contraltare gli attori che si sono adeguati e plasmati per stargli accanto. Nel film come nella vita reale una persona disabile è chiusa in un mondo di difficile accesso e quotidianamente compie un atto eroico e uno sforzo supremo per entrare in contatto con la realtà circostante. L'occhio di Amelio, attraverso una sceneggiatura scritta (ancora una volta dopo "Il ladro di bambini") con Rulli e Petraglia, scandaglia il senso di inadeguatezza e di colpa che affligge coloro che si trovano ad accudire un disabile. Tutti gli adulti dei film di Amelio sembrano subire un senso di colpa nei confronti dei propri figli, lottano per conquistare la maturità necessaria ad essere genitori. Non fa eccezione Gianni, un padre in fuga dalla diversità del figlio, che dopo quindici anni si trova a cercare una via di comunicazione. Il film ha il merito di raccontare la difficoltà di vivere e di svelare un dramma che solo pochi conoscono. Amelio mantiene su uno stesso piano l'umorismo e il dolore, senza tralasciare l'angoscia e la disperazione: "la sera guardo negli occhi mia figlia e dentro di me penso: perché non muori?" è questa frase atroce della Rampling che, insieme al pianto infantile e liberatorio di Rossi Stuart nel finale, riassume il senso di "Le chiavi di casa".